Obě tyto sezony se tím nesporně zařadily k nejúspěšnějším obdobím v dějinách bystřické kopané. Celkem 14 hráčů se může pochlubit tím, že patřili do sestav bystřických mužstev v obou těchto slavných sezonách. Jsou to: brankař Josef Špígl, dále pak David Petráš, Josef Barot, Petr Čagan, Jaromír Barveníček, Petr Čech, Jiří Trňák, Martin Olša, Martin Malík, Miroslav Rolinc, Alois Skopal, Martin Krampla, Libor Pumprla a Jiří Zemánek.

Skvělá sezona 1999–2000 si určitě zaslouží, aby byla připomenuta nejvyšší vítězství, dosažená v této sezoně. Na hřištích soupeřů to byly následující výhry: 7:1 nad SK Rapid Muglinov, 4:0 nad TJ Lokomotiva Pramet Šumperk, 3:0 nad TJ Jiskra Rýmařov a 3:0 nad SK Dětmarovice. A největší domácí vítězství v Zahájeném: 5:1 nad SK UNO Zábřeh – Zvole, 5:1 nad FC Slavoj Bruntál a 4:1 nad TJ Valašské Meziříčí.

Závěrečný zápas sezony 1999–2000 byl sehrán 17. června 2000 a tým FK Bystřice v něm porazil TJSK Kravaře 3:1. Toto utkání sledovalo 2000 diváků a to byla největší návštěva v Bystřici na mistrovském zápase za posledních 60 let! Hned po utkání následovaly velké oslavy postupu do MSFL, které pak pokračovaly několik hodin již na jiném místě.

Byla tím připomenuta rok stará situace, kdy 16. června 1999 po vítězství FK Bystřice nad FC Morkovice 2:1 před 500 diváky propukly oslavy postupu do divize, které se pak také přenesly do jiného prostředí. Hned po zápase předseda SMFŽ (Středomoravská fotbalová župa) Jaroslav Valenta předal bystřickému kapitánovi Martinu Malíkovi pohár pro vítěze župního přeboru za velkých ovací publika. O devět dní později, 25. června 1999, pak odcestoval úspěšný bystřický tým na zaslouženou sedmidenní dovolenou do Itálie. Župní přebor vyhrála Bystřice s náskokem 13 bodů.

V sezoně 2000–2001 se bystřický tým představil v roli nováčka v MSFL a pod vedením trenéra Františka Rolince vybojoval ve III. lize pěkné 7. místo, když po podzimu r. 2000 byl dokonce na 3. místě. Celková bilance týmu byla: 30 zápasů, 11 vítězství, 10 remíz, 9 porážek, poměr branek 50:43, 43 bodů a 7. místo. Z 11 ligových vítězství je nutno připomenout vysoké vítězství 4:0 doma nad TJ Nový Jičín a první ligové vítězství 5:2 nad FC Elseremo Brumov v „zápase snů“ na hřišti soupeře.

Mužstvo FK Bystřice posílil v sezoně 2000–2001 odchovanec a bývalý hráč bystřické kopané Marek Hošťálek, který se po mnoha letech vrátil na jaře r. 2001 do Bystřice a stačil ještě v jarní sezoně nastřílet 8 branek. Jiná posila, Ivan Slivka, zase v podzimní sezoně v r. 2000 vsítil 6 gólů, bohužel na jaře r. 2001 již téměř nehrál. Střelec A. Skopal docílil 10 branek (na podzim 7, na jaře 3). Velkou postavou byl brankař Aleš Jurčík, který svým třem náhradníkům nedal jedinou šanci a odchytal všech 30 zápasů.

V r. 2001 oslavovala bystřická kopaná další kulaté výročí. FK Bystřice p. H. vydal sborník „80 let kopané v Bystřici pod Hostýnem“, který je dílem 12 autorů. Časopis „Bystřické Pokroky“ pak uveřejnil dalších osm článků, z nichž šest připomnělo některé další sezony (přehled soupeřů, výsledků, sestavy bystřických mužstev a přehled střelců), jeden článek byl vzpomínkou na start týmu Sokola NV Bratislava a jeden nabídl portrét slavného bystřického střelce v šedesátých letech, Ericha Beneše. Tím regionální periodika „Bystřické Pokroky“ navázala na podobný seriál z r. 1996.
V sezoně 2001–2002 absolvoval bystřický tým svou druhou sezonu v MSFL a byl ještě úspěšnější než v předchozí sezoně 2000–2001. Vybojoval velmi pěkné 4. místo, když po podzimu r. 2001 byl dokonce na 1. místě. Exceloval M. Hošťálek, který nastřílel 17 branek a byl nejlepším střelcem MSFL. A. Skopal byl s 8 brankami na 8. místě a M. Olša se 7 góly byl na 12. místě. Ve funkci trenéra se vystřídali Zdeněk Ševela a od 10. kola Pavel Korál.

Znovu hvězdil brankař A. Jurčík, který opět odchytal všech 30 zápasů a jeho dva náhradníci odseděli celou sezonu na střídačce. Z výsledků si zaslouží připomenout vítězství 4:0 doma nad 1. FC Synot Staré Město B a venku vítězství 3:1 nad FC Kunovice a 2:1 nad FC Baník Ostrava B. Bystřice zaznamenala ze 30 utkání 14 vítězství, 6 remíz, 10 porážek, aktivní poměr branek 46:41 a 48 mistrovských bodů.

Marek Hošťálek po skončení podzimní sezony v r. 2001 ještě hostoval v prvoligovém týmu Slezský FC Opava a odehrál tři zápasy v nejvyšší soutěži, v I. lize, proti FK Teplice, FC Stavo Artikel Brno a Bohemians Praha. Po skončení jarní sezony v r. 2002 nastoupil ještě za Opavu v dalším zápase nejvyšší soutěže proti 1. FC Synot Staré Město.
V sezoně 2002–2003 odehrála Bystřice třetí sezonu v MSFL, ale skončila až na 11. místě. Brankař Jurčík odchytal většinu zápasů, náhradníci však dostali 5krát příležitost ho zastoupit. Stále však hvězdil M. Hošťálek, který nastřílel 18 gólů, včetně čtyřech hattricků, a byl opět nejlepším střelcem MSFL. Střelecky se blýskli i Jiří Trňák a M. Olša, oba s 8 góly a tím se zařadili na dělené 12. místo mezi nejlepšími střelci MSFL. A. Skopal už v mužstvu nebyl. Trenérem byl Pavel Korál (podzim 2002) a Pavel Pumprla (jaro 2003).

V sezoně 2003–2004 absolvovala Bystřice čtvrtou sezonu v MSFL, ale soumrak pokračoval, tým obsadil až 12. příčku. A. Jurčík opět nastoupil ke všem zápasům. V mužstvu se na jaře r. 2004 objevil nový výborný střelec Aleš Chmelíček, který jen v jarní sezoně vsítil 8 gólů. V týmu chyběl již M. Hošťálek. Trenérem týmu byl Pavel Pumprla, od 4. kola pak Karel Josl. Největší úspěchy: výhry doma 3:0 nad SK LeRK Prostějov, 2:0 nad FC Tescoma Zlín B a 2:1 nad FC Baník Ostrava B.

V sezoně 2004–2005 odehrálo bystřické mužstvo pátou sezonu v MSFL a zablýskalo se na lepší časy, bystřický tým obsadil totiž slušné 9. místo. Bystřickou branku hájili již Luděk Juráň (podzim 2004)  a Jan Veselý (jaro 2005). Znovu exceloval A. Chmelíček, který nastřílel 19 gólů a stal se nejlepším střelcem MSFL. Sekundoval mu M. Olša, který s 9 góly byl desátý mezi kanonýry III. ligy. Nejvydařenější zápas odehrála Bystřice 14. listopadu 2004, kdy ve velké zimě a v silném větru deklasovala SK Lipová 6:1 na hřišti soupeře. Hattrickem se tehdy blýskl Michal Dostál. Cenné byly také výhry 4:1 venku nad SK Tatran Poštorná (M. Olša vsítil 3 góly) a doma 3:0 nad SK Hranice. Celková bilance byla slušná: 30 zápasů, 11 vítězství, 7 remíz a 12 porážek. Poměr branek byl 42:47 a 40 bodů zajistilo 9. místo. Trenéry byli Pavel Hajný (podzim 2004) a Alois Skácel (jaro 2005).

V sezoně 2005–2006 absolvovala Bystřice šestou sezonu v MSFL a obsadila 16. místo a to znamenalo sestup ze III. ligy. Bystřickou branku hájili téměř rovným dílem J. Veselý, Dalibor Valoušek a Vlastimil Trochta. Chyběl již Chmelíček, na podzim se sice vrátil Hošťálek, ale to již k záchraně nestačilo a na jaře již v sestavě chyběl. Největšími úspěchy byly tři domácí výhry: 3:0 nad TJ MSA Dolní Benešov, 2:0 nad FC Vítkovice B a 2:0 nad FC Tatran Brno Kohoutovice. Trenérem byl nejdříve Václav Cahyna, od 3. kola ho vystřídal Pavel Vaigl.

Vlastimil Doležel